Hay varias teorías en torno a que Obi-Wan y Padmé eran amantes secretos, pero eso es un escándalo total de Krayt.
Respuesta corta: no.
Su pequeño recorrido con Clovis fue durante sus primeros días en el Senado, antes de que Anakin llegara y se enamorara de ella. Cualquier sentimiento que expuso por el primero en Scipio fue meramente por respeto o por negocios (ya que él era un miembro poderoso del Clan Bancario).
Aunque me pueden corregir esto, no hay forma de que Padmé haya engañado a Anakin, a la UE o al nuevo canon. Su moral y su sentido del juicio eran simplemente demasiado fuertes para eso.
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Toda la información anterior es canon ™.