No veo ningún inconveniente en seguir usando ambos, siempre que tenga algún tipo de criterio de alto nivel para guiar su elección de qué herramienta usar para diferentes dominios de toma de notas.
Rutinariamente utilizo OneNote y Evernote, por ejemplo, ya que actualmente tienen características complementarias. Utilizo Evernote principalmente para el recorte de páginas web y las necesidades de toma de notas relativamente básicas, por ejemplo, y OneNote para actividades y proyectos más elaborados de toma de notas / escritura en los que colaboro con otros que también utilizan OneNote. Eso significa que ocasionalmente tengo que buscar tanto en Evernote como en OneNote para encontrar todas mis notas / páginas relacionadas con un tema específico, pero considero que es una compensación razonable, ya que ni Evernote ni OneNote pueden satisfacer todas mis necesidades de toma de notas en esta vez.