“Fructífera” es un adjetivo inusual para usar en relación con unas vacaciones, al menos donde crecí, pero lo interpretaría no como un cumplido sino como un comentario: las vacaciones trajeron muchas buenas experiencias o cumplieron deseos o resultó en aprender cosas nuevas, o algo así.
“Sí, fue” sería una respuesta más apropiada que “Gracias”, creo.